سلام
بله میتونید هر کاربر به پوشه خاص در ftp محدود کنید نمونه آموزش » آموزش راه اندازیIIS و FTP Server در Windows 2008 Server
rdp هم همچین امکانی داره و می تونید هر کاربر محدود کنید به پوشه و نرم افزار خاص البته فکر نمی کنم کسی اموزش داده باشه
اگر نیاز این مورد به نظرم بدید کسی که بلد انجام بده دردسرش کمتر باز شما صاحب اختیارید.