سلام.
برای محدودیت میتونید از cpulimit استفاده کنید ولی باید برای هر پروسس کاربر به صورت دستی لیمیت را انجام دهید و تقریبا غیر ممکن هست.
میتونید لاگ php را بررسی کنید تا ببینید چه فایلی در هاست کاربر مورد نظر cpu یا ram زیاد مصرف میکند تا بتونید اطلاع دهید یا رفع کنید.
موفق باشید./