سلام.
شما نمیتونید nginx را برای یک کاربر غیر فعال کنید !
فایل php.ini مربوط به تنظیمات php هست و از داخل ان نمیتوان وب سرور را تعریف کرد یا برای یک یوزر تغییرش داد.
+ بهتر هست مشکلی که پلاگین مربوطه با nginx دارد را رفع کنید.
دقیقا چه مشکلی پیش میاد موقع استفاده از پلاگین با وب سرور nginx ؟