درود
دوست عزیز اولین قدم ایمن سازی سرویس های خطرناک سرور مانند : php - cgi - perl - python و kernel میباشد در دومین قدم پرمیشن بندی صحیح دستورات خطرناک در سرور مانند symlink میباشد و بعد اسکن سرور برای فایلهای مشکوک و شل های خطرناک و تنظیم دسترسی فایل های سایت ها و فولدرهای با دسترسی 777 و... موارد زیادی هستش که بهتر هستش با کسی که در این زمینه تجربه کافی دارد مطرح نمایید