از کنترل پنل خاصی استفاده می کنید ؟
شما نباید این فانکشن در در disable_funtions فایل php.ini قرار دهید.
این راهنما نیز فکر میکنم به درد شما خواهد خورد :
How to enable PHP exec() for particular domains only? - Hosting Security and Technology - Web Hosting Talk