سلام شبانگاه بخیر

پیشنهاد میکنم از آنتی ویروس و آنتی شل های رایگان همچون Maldetect و ClamAV استفاده کنید.
همینطور اگر از Apache استفاده میکنید Deflate هم برای جلوگیری از حملات DoS و DDoS تا حدی به شما کمک خواهند کرد.
تنظیمات مقابله از SYNFlood هم داخل CSF موجود هست میتونید انجام بدید.
درصورتی هم دسترسی Console/VNC به سرور دارید ، پیشنهاد میشه SSH را به طور کلی قطع کنید یا پورت را تغییر بدید.
درصورت تمایل هم میتوانید پورت ورود به دایرکت ادمین نیز تغییر بدید.
موارد امنیتی مربوط به PHP هم فراموش نشود ، اگر اقدام به ارایه هاست اشتراکی فرمودید بعضی function ها میبایست غیرفعال شوند.
درصورتی هم که مستعد و به زبان انگلیسی به قدر کافی تسلط دارید به دنبال نصب و کانفیگ mod_security روی وب سرورتان باشید.