سلام
البته بنده چند مورد را هم اضافه کنم که وقتی از cgi استفاده میکنید کمی سرعت لود php کمتر میشه و اگر از سرور کش های مثل xcache استفاده میکنید باعث کرش کردن php سرور میشه.
برای مشکل شما که بتونید از cli استفاده کنید و مشکل دسترسی فایل ها وجود نداشه باشه به نظر بنده استفاده از mod_ruid2 هست
برای امنیت هم راه حل های زیادی وجود داره که یکی از انها استفاده از انتی شل ها و بهینه سازی امنیت PHP سرور هست.
برای نصب mod_ruid2 از لینک زیر میتونید استفاده کنید
رفع مشکل سطوح دسترسی در دایرکت ادمین و CentOS به کمک ماژول mod_ruid2
و لینک زیر هم برای ایمن سازی php استفاده کنید که البته به طور 100% نمیباشد
بهینه سازی امنیت PHP سرور – کانفیگر.نت | اولین وبلاگ آموزش تخصصی سرور