با سلام
مشکل شما خیلی چیزها می تونه باشه ، اینکه php cache نمیشه و برای هرکاربری که داخل سایتتون هست داره یک پروسس جدید ایجاد می کنه
همچنین در تنظیمات sql باید از query cache استفاده بشه که فشار رو کمتر کنه
روی nginx هم میشه تنظیماتی اعمال کرد که بهترین سرعت رو بهتون بده
درضمن طبق این خروجی که قرار دادید ، چیزی از nginx دیده نمیشه
تنظیمات زیادی هستند که با توجه به اسکریپت شما امکان بهینه تر شدن دارند
برای راهنمایی بیشتر در تماس باشید