خاموش یا روشن بودن safe_mode در ورژن های جدید php مانند 5.4 دیگر لازم نمی باشد.
همچنین در ورژن های قدیم براحتی قابل bypass کردن می باشد و راحت هکر می تواند آن را bypass کند.
به نظر بنده اگر فقط سایت خودتان هست براحتی با خیال راحت خاموش کنید ولی از اینکه سرور امنیت لازم را دارد و اسکریپت شما نیز ایمن شده باشد اطمینان داشته باشید.
موفق باشید.