سلام
زمانی که Mysql 5.1 به 5.5 ارتقا پیدا می کنه دیتابیس ها هم دچار تغییر می شند حتی مقداری از حجمشون هم کم میشه! اگر در زمان ارتقا کوچک ترین اختلالی پیش بیاد کل دیتابیس ها دچار مشکل میشند و تعمییر دیتابیس های آسیب دیده کار آسانی نیست !تنها راه اینه باید بک آپی که از سایت ها دارید رو ریستور کنید تا مشکل حل شود در زمان ریستور عملیات هماهنگ کردن دیتابیس ها با نسخه جدید بهتر انجام میشه و معمولا مشکل رفع میشه .
با این مشکلاتی که Yas Host گفتند بهتره سرور رو از نو نصب کنید حتی اگر راهی که گفتم براتون جواب بده با وجود این همه مشکل نمی تونید میزبان مناسبی باشید و هر روز دچار مشکل میشید
موفق باشید