با تأیید سخن M.Abooali می تونید از ترکیب روش های گفته شده استفاده کنید، یعنی هم سورستون رو کد کنید، هم از یک دیتا سنتر معتبر داخلی سرویس تهیه کنید (برای سهولت پیگیری قضایی)، و هم پنهان کاری را در اولویت کاراتون بذارید، خیلی راحت میشه خیلی پروژه ها را درون فولدر های سیستم های مدیریت محتوا پنهان کرد و با تنظیم صحیح سرور و استفاده از mod_rewrite، پروژه را اجرا کنید.
مطلبی هم در مورد .net شنیدم که بدلیل کامپایل شدن فایل ها امکان دسترسی به سورس وجود نداره، اگر پروژه اهمیت زیادی برایتان دارد می توانید به .net پورت کنید، البته اگر زبان برنامه نویسی پروژه تان php هست پروژه هایی هم برای کامپایل و اجرا در قالب .net و سرور های ویندوزی وجود دارد.