برای پردازش های آپاچی اگه منظورتون هست باید از قسمت:

Home » Service Configuration » Apache Configuration » Global Configuration

اینجا باید کانفیگ کنید بسته به منابع سرورتون

اون گزینه ای هم که شما میخواید: ** Timeout هست.
از تنظیمات php هم بررسی بفرمایید .