پیشنهاد بنده برای چت روم استفاده از وب سرور لایت اسپید یا حداقل nginx در کنار آپاچی می باشد.

چند سوال:

1- تعداد نفرات آنلاین شما چقدر هست؟
2- سرور اختصاصی هست یا مجازی؟ (اگر مجازی هست از منابع اختصاص داده شده به سرور مجازی اطمینان دارید؟)
3- مشخصات سرور رو ارسال فرمایید.
4- لود سرور در هنگام ارسال پیام ها چقدر هست؟
5- چند چت روم روی سرور نصب می باشد؟
6- کانفیگ MySQL به خوبی انجام شده است؟

راه حل مشکلات شما وابسته به سوالات بنده می باشد و خارج از این موارد نیست.
موفق باشید.