بهترین راه استفاده از برنامه bandzip هستش که به صورت رایگان هم وجود داره.
شما با این برنامه کل فایلتون رو با پسوند tar ذخیره کنید و پس از آپلود توی سی پنل اون رو اکسترکت کنید ومشکلتون حل میشه
این هم لینک برنامه
Bandizip - All-In-One Free Zip Archiver