سلام
دلیلش این هست که شما از مود CGI در PHP استفاده می کنید و CSF به صورت پیش فرض از مسیر CLI فایل Php.ini میخونه
شما با زدن این دستورها توی SSH می تونید یک symlink به مسیر صحیح ایجاد کنید تا CSF شما دچار اشتباه نشه
mv /usr/local/lib/php.ini /usr/local/lib/php.ini.bk
ln -s /usr/local/etc/php5/cgi/php.ini /usr/local/lib/php.ini
موفق باشید