سلام وقتی ارتقا دادید extension هارو در فایل php.ini تصحیح فرمودید ؟
یعنی به عنوان مثال در نسخه قبلی قطعا ioncube_loader شما به این شکل بوده

zend_extension=/usr/local/lib/ioncube_loader_lin_5.2.so

که باید به این شکل تغییر بدید

zend_extension=/usr/local/lib/ioncube_loader_lin_5.3.so

اگر خواستید دسترسی بدید حل میکنم براتون