منظور شما از کوئری دقیقا چیست؟! کوئری اگر قطع بشه وسط اجرا که خروجی هم نخواهد داشت و عملا عملکرد سایت مختل میشه!!!
به هر حال اگر منظورتون کوئری های پی در پی در دیتابیس های سنگین هست بله فشار میاره به سرور و مخصوصا هارد
قبل از هر چیز MySQL رو بهینه سازی کنید . mysqltuner میتونه کمک کنه
اگر هارد سرور ضعیفه یا هارد مجازیست باید حتما ارتقا پیدا کنه . هارد SSD بهترین گزینه برای میزبانی دیتابیس هست .
اگر حد اکثر زمان اجرای PHP مد نظرتونه و میخواید محدودش کنید از فایل php.ini مقدار max_execution_time رو به میزان دلخواه (بر اساس ثانیه) تغییر بدید