با سلام
شما از کجا میدونید زیر ddos هستی؟
شاید ddos نباشه و یکی از سایتهات از منابع زیاد مصرف میکنه و باعث داون شدن سرور میشه.
یه راه میگم بهت اونو امتحان کن. 90% مشکلت حل میشه
سرور را reboot میکنی و سریع httpd را stop میکنی و بعد میری داخل پانل تمام سایتها را ساسپند میکنی و بعد یکی یکی با فاصله نیم ساعت باز میکنی و هر وقت دیدی سرورت داون شد اون سایت آخری که unsus کرده بودی را دوباره میبندی
و اینطوری مشکلت حل میشه