سلام

فایل my.cnf رو ادیت کنید
vi /etc/my.cnf
این خط رو توش کپی کنید :

innodb_file_per_table=1
حالا سرویس MysQL رو ریستار کنید :
service mysqld restart
مجددا تست کنید . بهتره قبلش یک بار دیتابیس رو Repair و Optimise کنید

موفق باشید