شما tmp رو بزار روی tmpfs
اون فایلی که slow query ها رو توش ذخیره کرده هم یه 30-40 خطش رو بزارید اینجا یا کل فایلشو اتچ کنید .
سعی کردید از Innodb استفاده کنید ؟
این که میگین یهو میره بالا احتمال این که یک جدول خراب هم داشته باشید , هست .
از این دستور تست کنید :
mysqlcheck -oA