حداقل یک coredump بگیرید یا از strace استفاده کنید تا بشه فهمید پراسس های اجراکننده php در یک بازه زمانی زیاد اجرا میشوند .
ممکن هست از یکی از منابع مثل دیتابیس تایم اوت دارند .

برای این کار میتونید pid یکی از پراسس های php را با دستور strace استفاده کنید ( strace PID )
اگر تکراری از دستورات read / write /hold دارید احتمال این مورد زیاده .
درمورد Mysql هم اگر قبلا این مشکل وجود نداشته باید لاگ های mysql را بررسی کنید . افزایش مصرف پردازنده و حافظه ممکن است ناشی از دیتابیس های کرش کرده و بلا استفاده باشند .
یا تیبل های innodb باشند که دستی حذف شدن اما هنوز در فایل های idb وجود دارند .
این شرایط باعث کندی mysql در اجرای query ها و پاسخ گویی به پراسس های php میشه و باعث میشه در حافظه بمونند و به تدریج load سرور رو افزایش بدن .

اینها نکات اولیه ای برای بررسی لود بالای سرور شماست . موارد بسیار زیادی ممکنه باعث افزایش لود سرور شوند .