سلام دوست من،
من با این مشکل در سرور قبلیم مواجه میشدم و هر فایلی که آپلود بشه نشون میده که ویروس داره ولی نداره...
عزیز هر مشکلی به احتمال زیاد یک جوابی داره ... در ضمن احتمال این که سی پنل رو پاک کنی و نصب کنی و مشکل های بیشتری به وجود بیاد خیلی زیاده ... ( این گفته خودم نیست گفته پشتیبانی customer support خود سی پنل هست! ) دلیلش هم کاملا واضح هست که وارد بحث نمیشم.
راه حل این مشکل :
1بار خاموش و روشن کردن calmav 
هر موقع با این مشکل مواجه شدی میری داخل WHM و از طریق زیر عمل میکنی :
Service Configuration > Service Manager
گزینه Clamd رو پیدا کن و تیک enable رو بردار و Save کن، تموم که شد 2باره برو تو service manager و تیک رو دوباره بزار و سیو کن.
حال نکردی وارد ssh بشو و یکی از کامنت های زیر رو اجرا کن :
کد:
clamd restart
service clamd restart
این دستور ها برای من اجرا نشد واسه همین اول روش بالا رو گفتم. 
امیدوارم دیر نشده باشه ...
این کار رو انجام بده حتما جواب میگیری