دوست عزیز
همون طور که جناب rezash فرمودن
1. اینجاست که بسته بودن برخی توابع کار ساز است
2. بعد از نفوذ هکر اگه کمی وارد باشه بک دور یا همین راه های نفوذ متعدد برای نوبت بعد باز میکنه روی هدف که به احتمال زیاد روی سایت شما این مورد اتفاق افتاده
برای اینکه خیالتون راحت باشه اول کل فایل های داخل پوشه public_html رو با فایلهای اولیه whmcs که نصب میکنید جایگزین کنید (بک اپ از دیتابیس و ... فراموش نشه که ...)
بعد پسورد ها رو عوض بکنید و ببینید یوزر های دیگه ای ایجاد نشده.
سپس مراحل امنیتی لازم برای سیستم رو انجام بدید