سلام
شما می توانید یک کاری بکنید و آن هم این که سایت خود را با پورت 9091 تست نمایید
مثلاً اگر سایت شما domain.com است با آدرس
http://domain.com:9091 باز کنید و ببنید ۴۰۴ دریافت می کنید یا نه ؟
اگر ۴۰۴ دریافت کردید مطمعن می شوید که مشکل از آپاچی است و باید تنظیمات آن را بررسی کنید
اگر ۴۰۴ دریافت نکردید مطمعن می شوید که مشکل از Nginx است و باید تنظیمات آن را تعمیر کنید
البته قبل از تست مطمعن شوید پورت 9091 روی سرور باز باشد