مشکل شما از کانفیگ مبتدیانه سرور هست. در نظر داشته باشید ک c99 اگه رو سرور شما اجرا شده یعنی امنیت صفر هست !
در ضمن cxs ب شلی مثل c99 ک گاو پیشونی سفید هست، اصلا اجازه آپلود از هیچ طریقی (حتی ftp) رو نمیده و زیر یک ثانیه قرنطینه میکنه.
ب جز cxs شما اگه php و مد سکیوریتی رو درست کانفیگ کرده باشید، شل آپلود شده نمیتونست اجرا شه. (یعنی آپلود میشد ولی اجرا نمیشد.)