مشکل شما از طرف اپاچی هست و مربوط به حملات نمیشه . می تونید با ری استارت کردن آپاچی ببینید موقتی مشکلتون حل میشه ولی باز آپاچی کم میاره . وبسرور اپاچی برای دانلود فایل های حجیم مشکل داره و داون میشه سرور شما قوی هست برای همین داون نمیشه ولی به شدت کند شده. تنظیماتی انجام دادم بهتر شه ولی بازم نمیشه زیاد رو آپاچی موند بهتره تغییر بدید.
برای سرور بهتره از nginx استفاده کنید یا apache+nginx اینطوری مشکلتون حل میشه.
درصورت نیاز بگین براتون نصب می کنم.