1 - اگر mysql رو روزانه چند بار رست کنیم اسیبی میرسونه ؟
اگر بصورت استاندارد ریست شود امکان اسیب به داده ها کم است... اما بازدهی به طرز چشم گیری کاهش پیدا میکند ...
2 - query per second در mysql امکان لیمیت داره ؟
این چیزی که مد نظر شماست خیر اما میتوانید محدودیت اعمال کنید
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.0...resources.html

3 - اگر در بعضی موارد کوئری ها رو kill کنیم ممکنه باعث گیر کردن بقیه جداول بشه ؟
باعث مشکل در روند برنامه میشود و کار کاربر ناتمام میماند.