خیر. در صورت stop کردن httpd درخواست های mysql هم قطع میشه پس نمیشه گفت مشکل از Apache بوده. پروسه های php هم احتمال اینکه در حال اجرای کوئری بر روی mysql بوده باشند رو دارند.
یوزر webapps در لیست پروسس ها به معنی اجرای اسکریپت هایی هست که در /var/www/html واقع هستند. محتویات /var/www/html را چک کنید و ببینید چی داخلش هست.