به نظر من هردو می تونه هم خوب باشه و هم بد ! حالا چرا ؟

whmcs باید هزینه لایسنس بدید ، اوپن سورس نیست ، علاوه بر امکانات خوبی که داره یک سری امکانات اضافی هم داره که ممکنه خیلی ها اصلا از اون استفاده ای نکنند و همچنین شما برای رفع نواقص(مثل نقص امنیت و یا امکانات) باید منتظر بروز رسانی ها باشید.

اما

اسکریپت اختصاصی بسیار هزینه بر هستش،معمولا با اون هزینه ی زیادی که می کنید باید اوپن سورس باشه ، امکانات اضافی بدرد نخور در اون موجود نیست و فقط امکاناتی که شما به اون نیاز دارید در اون وجود داره و بر اساس نیاز شما ساخته شده ، همچنین درصورت بروز هرگونه ایراد یا مشکل مانند whmcs نباید منتظر بروزرسانی باشید بلکه برنامه نویس اون سیستم وظیفه داره مشکل شمارو برطرف کنه.

موفق باشید