سلام
اگه از اول فایل نصب ساخته شده با Winrar بوده (یعنی ظاهر Install اش که میگید مشابه این بوده:
http://s9.picofile.com/file/8316259134/winrar_sfx.JPG) نیاز نبود Extract کنید و دوباره ازش EXE. بسازید بلکه می تونید همون EXE. اصلی رو با نرم افزار Winrar باز کنید و فایل مورد نظر که آدرس آی پی توشه رو یه بار Extract کنید و اصلیه رو از آرشیو حذف و نسخه ویرایش شده رو جایگزین و سیو کنید.
ولی اگه از اول Install برنامه طور دیگه ای بوده مثلاً مثل از این برنامه ها که باید پشت سرهم Next و Next و آخر Finish بزنید بوده در این صورت باید خودتون با استفاده نرم افزار های Setup ساز مثل Inno Setup یا NSIS و... دوباره اونطوری بسازیدش.
بعدش درباره اینکه میگید فقط نوع Self-Extracting ایجاد میشه این مشکل برنامه 7zip هستش که تنظیمات گرافیکی برای تغییر SFX که میسازه نداره شما اگه با Winrar اقدام به ایجاد یه آرشیو SFX کنید می تونید قبل از فشرده سازی تو بخش Advanced و سپس SFX Options با ویژگی هایی که داره یه Install خوب برای برنامه تون بسازید.