کی از جدال های همیشگی شرکت های عرضه کننده محصولات مجازیسازی بحث پشتیبانی از سیستم عامل های مختلف بوده و هست. شرکت مایکروسافت در نسخه 2012 هایپروایزر HyperV نسبت به شرکت VMware از تعداد محدودی سیستم عامل پشتیبانی می کند اما همین تعداد محدود برای محیط هایی که تنها از محصولات مایکروسافت استفاده می کنند کافی است. جدول سیستم عامل های پشتیبانی شده:
سیستم عامل نسخه سرویس پک ویرایش Windows Server 2003 SP2 Datacenter, Enterprise, Standard, Web 2003 R2 SP2 Datacenter, Enterprise, Standard, Web 2008 Datacenter, Enterprise, Standard, Web 2008 R2 Datacenter, Enterprise, Standard, Web 2012 Standard, Datacenter Windows Home Server 2011 Windows SBS 2011 Windows Client 8 7 Vista SP2 XP SP3 XP x64 SP2 Linux CentOS 6.0 - 6.2 RHEL 6.0 - 6.2 SLES 11 SP2