مشکل با Freer و Rewrite On در .httaccess

با سلام بنده یک وبسایت دارم که روش جوملا نصب هست و برای قسمت فروش محصولات پین کدی مثل اکانت رپیدشیر و شارژ و ... توی ساب دومین www.mysite.tld/shop اسکریپت Freer رو نصب کردم ! همه چیز عالی بود تا اینه برای ایندکس شدن هرچه بهتر سایت از طریق فایل .httaccess و دستور mode_rewrite on به قولی Duplicated contents کردم و همه لینک ها بصورت اتوماتیک اولش www. قرار می گرفت ! مثل http://mysite.tldریدایرکت می شد به http://www.mysite.tld! از توی cPanel هم ساب دومین shop.mysite.tldرو گذاشتم روی mysite.tld/shop.
بعد از اعمال تغییرات خریدار به قسمت فروشگاه که منتقل میشد همه چیز درست پیش می رفت تا زمانی که به سایت بر می گشت آدرس به این صورت بود: www.shop.mysite.tld و متاسفانه پول از کف کاربر رفته بود و پیغام خطا بهشون نشون می داد !
حالا می خوام بدونم چجوری می تونم این مشکل رو برطرف کنم تا بتونم مجدد سایتم رو آپ کنم !
آیا باید توی فایل کانفیگ فریر تغییری بدم ؟ یا اینکه می تونم از طریق httaccess جلوی ریدایرکت شدن یک دایرکتوری رو بگیرم ؟