مشکل با زند بعد از تغییر یکی از فایل

سلام
من دو سرور دارم که یکیش سی پنل و یکیش دایرکت ادمین هست.
هر دوشون هم پی اچ پی 5.3 هستند.
پروژه هام رو با زند جدید انکود می کنم و گزینه های سکوریتی هم نمیزنم.
یکی از گزینه های سکوریتی زند اینکه اگه فایلی از پروژه اپن سورس آپلود شد ، پروژه اجرا نشه که اونو تیک نمیزم.


حالا مشکل زمانی اتفاق می افتد که یکی از فایل های سایت رو به صورت اپن سورس (زند نشده) آپلود کنم.
چون اون تیک سکوریتی نزدم نباید مشکلی پیش بیاد و تو سروری که سی پنل هم هست مشکلی ایجاد نمیشه
اما تو سروری که با دایرکت ادمین هست مشکل ایجاد میشه

حالا سئوال من اینکه مشکل از دایرکت ادمین هست؟ و در هر صورت چطور می تونم مشکل را حل کنم؟