مصرف بالای cpu در سرور اختصاصی با 2 سایت متوسط رو به پائین

با سلام
سرور xzeon از هتزنر با رم 32 گیگ و با فضای 4 ترا داریم.
یکی از دوستان کانفیگ کرده و از طریق vmware یک هاست لینوکسی برای دو سایت؛ و دو سرور مجازی ویندوز ایجاد نموده است.
حالا در سرور لینوکس با مشکل مصرف منابع زیاد مواجهیم که حاکی از مصرف بیش از حد mysql از cpu می باشد.
قبلا از یکی از 10 هاستینگ معروف کشور هاست پربازدید گرفتیم که ماهی 60 هزار تومان هزینه داشت و تا 300 کاربر آنلاین را جواب می داد؛ اما حالا در سرور اختصاصی از 150 کاربر آنلاین تجاوز نمی کند و این در صورتی ست که از 70-80 کاربر آنلاین به بالا سرعت لود سایت از 4 ثانیه به 20 تا 25 ثانیه می رسد.

یکی از دوستان whm را بررسی کرد و گفت به دلیل کانفیگ غیراصولی (پیش فرض) مصرف منابع شما زیاد است.

لازم بذکر است که وبسرور ما لایت اسپید می باشد.
با توجه به این موارد به نظر شما مشکل اصلی سرور ما چیست؟