خطای 500 phpmyadmin بعد از ارتقاء نسخه php

با سلام.
دوستان بنده برای نصب ioncube loader ورژن php رو به 5.4 ارتقا دادم و بعد از اون مشکل ioncube برطرف شد.

اما حالا directadmin , roundcube و کلیه webbapp ها کلا ارور internal server error می دن.

حتی مجددا هم build کردم phpmyadmin رو باز هم مشکل برطرف نشده متاسفانه

- - - Updated - - -

یه نکته اضافه کنم که وقتی داخل فولدر phpmyadmin یک فایل html می ذارم درست اجرا می کنه اما وقتی فایل php اجرا می کنم این اشکال رو می ده.
با توجه به اینکه وب سرور nginx هم نصبه.

با توجه یه اینکه nginx در کنار apache نصبه و در این حالت فایل های استاتیک رو nginx و فایل های نیاز به اجرا رو apache هندل می کنه، آیا می تونه مشکل از اینجا باشه؟
اگه بله چطور باید این مشکل رو برطرف کرد؟

- - - Updated - - -

با سلام مجدد.
این هم لاگ مرتبط با این ارور (در واقع من log رو خالی و مجددا اجرا می کنم این ارور رو می ده)

[Thu Oct 01 13:12:54.315024 2015] [:error] [pid 17550:tid 2582453104] [client 84.241.32.113:21899] PHP Warning: Module 'ionCube Loader' already loaded in Unknown on l$
[Thu Oct 01 13:12:54.315196 2015] [:error] [pid 17550:tid 2582453104] [client 84.241.32.113:21899] [Thu Oct 01 13:12:54 2015] [warn-phpd] The ionCube PHP Loader is dis$
[Thu Oct 01 13:12:54.316188 2015] [core:error] [pid 17550:tid 2582453104] [client 84.241.32.113:21899] End of script output before headers: index.php